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y tao q förner l wendler t jian b wachinger c kim j ruan d wodzinski m müller h mok t jia x duan j brudfors m ahmadi s zhu y hsu w kapur t wells w golby a carass a bai h liu y paul gilloteaux p lindblad j sladoje n walter a chen j dorent r hering a heinrich m melba journal 2025 3 december 2025 775 791 cluster based human in the loop strategy for improving machine learning based circulating tumor cell detection in liquid biopsy husseini wüsthoff h riethdorf s schneeweiss a trumpp a pantel k wikman h nielsen m werner r patterns 2025 6 6 anatomy informed deep learning and radiomics for neurofibroma segmentation in whole body mri kolokolnikov g schmalhofer m well l farschtschi s mautner v ristow i werner r comput med imag grap 2025 126 102667 comparison of derivative based and correlation based methods to estimate effective connectivity in neural networks laasch n braun w knoff l bielecki j hilgetag c sci rep uk 2025 15 1 5357 deep learning based image restoration and super resolution for fluorescence microscopy overview and resources lohr d meyer l woelk l kovacevic d diercks b werner r 2025 t cell activation methods and protocols diercks b hrsg 1 aufl new york humana press 21 50 pathway specific ultrastructure of thalamocortical synapses in mouse somatosensory area s2 martin correa p rubio teves m rodriguez moreno j porrero c rollenhagen a hilgetag c lübke j clasca f j neurosci 2025 45 50 simple rules for simple models messé a hilgetag c hütt m phys life rev 2025 55 217 228 excitable dynamics simplify neural connectomes messe a hütt m hilgetag c cell rep phys sci 2025 6 4 102510 visualization and quantification of nfat1 translocation in t cells möckl f kovacevic d werner r diercks b weiß m 2025 t cell activation diercks b hrsg 1 aufl new york humana press 11 19 ultrastructural sublaminar specific diversity of excitatory synaptic boutons in layer 1 of the adult human temporal lobe neocortex rollenhagen a sadeghi a walkenfort b hilgetag c sätzler k lübke j elife 2025 13 analysis of clinical anatomical correlates of motor deficits in stroke by multivariate lesion inference based on game theory toba m malherbe c zavaglia m arnoux a barbay m hilgetag c godefroy o front neurosci switz 2025 19 1409107 transferable automatic hematological cell classification overcoming data limitations with self supervised learning wenderoth l asemissen a modemann f nielsen m werner r comput meth prog bio 2025 260 108560 dose reduction in step and shoot 4d ct imaging via breathing signal guided deep learning driven selective data acquisition a feasibility study wimmert l gauer t dickmann j hofmann c sentker t werner r 2025 ieee 22nd international symposium on biomedical imaging isbi 1 aufl houston tx usa ieee 1 5 zum forschungsportal time resolved role of p2x4 and p2x7 during cd8 t cell activation brock v lory n möckl f birus m stähler t woelk l jaeckstein m heeren j koch nolte f rissiek b mittrücker h guse a werner r diercks b front immunol 2024 15 1258119 stability analysis of patient specific 4dct and 4dcbct based correspondence models büttgen l werner r gauer t med phys 2024 51 9 5890 5900 downstream network transformations dissociate neural activity from causal functional contributions fakhar k dixit s hadaeghi f kording k hilgetag c sci rep uk 2024 14 1 2103 causal influence decomposition of the human brain using extensive in silico perturbation analysis fakhar k hadaeghi f dixit s messe a misic b hilgetag c 2024 2023 conference on cognitive computational neuroscience 618 621 imaging initial ca2 microdomains in primary t cells gerlach f möckl f kovacevic d brock v winzer r meyer l lohr d woelk l tolosa e werner r diercks b jove j vis exp 2024 212 a joint estro and aapm guideline for development clinical validation and reporting of artificial intelligence models in radiation therapy hurkmans c bibault j brock k van elmpt w feng m david fuller c jereczek fossa b korreman s landry g madesta f mayo c mcwilliam a moura f muren l el naqa i seuntjens j valentini v velec m radiother oncol 2024 197 110345 spatial normalization for voxel based lesion symptom mapping impact of registration approaches jühling d rajashekar d cheng b hilgetag c forkert n werner r front neurosci switz 2024 18 1296357 deep learning based conditional inpainting for restoration of artifact affected 4d ct images madesta f sentker t gauer t werner r med phys 2024 51 5 3437 3454 monte carlo based simulation of virtual 3 and 4 dimensional cone beam computed tomography from computed tomography images an end to end framework and a deep learning based speedup strategy madesta f sentker t rohling c gauer t schmitz r werner r phys imag radiat onc 2024 32 100644 deep image prior for spatio temporal fluorescence microscopy images deco dip meyer l woelk l gee c lohr c arcot kannabiran s diercks b werner r 2024 bildverarbeitung für die medizin 2024 maier a deserno t handels h maier hein k palm c tolxdorff t hrsg 1 aufl springer vieweg 322 327 perturbation 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the cerebral cortex messé a hollensteiner k delettre c dell brown l pieper f nentwig l galindo leon e larrat b mériaux s mangin j reillo i juan romero c borrell v engler g toro r engel a hilgetag c neuroimage 2023 276 simulation of neuroplasticity in a cnn based in silico model of neurodegeneration of the visual system moore j wilms m gutierrez a ismail z fakhar k hadaeghi f hilgetag c forkert n front comput neurosc 2023 17 1274824 self supervision for medical image classification state of the art performance with 100 labeled training samples per class nielsen m wenderoth l sentker t werner r bioengineering basel 2023 10 8 a topology based computational framework to assess the effect of deep brain stimulation in the context of freezing of gait in parkinson s disease popova m messe a gulberti a gerloff c pötter nerger m hilgetag c clin neurophysiol 2023 148 e61 e62 dose reduction in sequence scanning 4d ct imaging through respiratory signal guided tube current modulation a feasibility study schwarz a werner r wimmert l vornehm m gauer t hofmann c med phys 2023 50 12 7539 7547 extending tempcyclegan for virtual augmentation of gastrointestinal endoscopy training simulators wallrodt m schulz alsen m ehlken h rösch t schmitz r werner r 2023 bildverarbeitung für die medizin 2023 deserno t handels h maier a maier hein k palm c tolxdorff t hrsg 1 aufl springer vieweg 3 8 adhesion to laminin 1 and collagen iv induces the formation of ca2 microdomains that sensitize mouse t cells for activation weiß m hernandez l gil montoya d löhndorf a krüger a kopdag m uebler l landwehr m nawrocki m huber s woelk l werner r failla a flügel a dupont g guse a diercks b sci signal 2023 16 790 eabn9405 clinical application of breathing adapted 4d ct image quality comparison to conventional 4d ct werner r szkitsak j madesta f büttgen l wimmert l sentker t fietkau r haderlein m bert c gauer t hofmann c strahlenther onkol 2023 199 7 686 691 zum forschungsportal heterogeneous reservoir computing models for persian speech recognition ansari z pourhoseini f hadaeghi f international joint conference on neural networks ijcnn 2022 2022 1 7 high frequency oscillations and sequence generation in two population models of hippocampal region ca1 braun w memmesheimer r plos comput biol 2022 18 2 p2x4 and p2x7 are essential players in basal t cell activity and ca2 signaling milliseconds after t cell activation brock v wolf i er lukowiak m lory n stähler t woelk l mittrücker h müller c koch nolte f rissiek b werner r guse a diercks b sci adv 2022 8 5 disentangling cortical functional connectivity strength and topography reveals divergent roles of genes and environment burger b nenning k schwartz e margulies d goulas a liu h neubauer s dauwels j prayer d langs g neuroimage 2022 247 brain connectivity meets reservoir computing damicelli f hilgetag c goulas a plos comput biol 2022 18 11 causal influences decouple from their underlying network structure in echo state networks fakhar k hadaeghi f hilgetag c 2022 2022 international joint conference on neural networks ijcnn 1 aufl piscataway nj ieee 1 8 systematic perturbation of an artificial neural network a step towards quantifying causal contributions in the brain fakhar k hilgetag c plos comput biol 2022 18 6 intrinsic functional brain connectivity is resilient to chronic hypoperfusion caused by unilateral carotid artery stenosis fischer f malherbe c schlemm e schröder j heinze m cheng b schulz m fiehler j larena avellaneda a gerloff c thomalla g neuroimage clin 2022 34 103014 a natural cortical axis connecting the outside and inside of the human brain hilgetag c goulas a changeux j netw neurosci 2022 6 4 950 959 the highways and byways of the brain hilgetag c zikopoulos b plos biol 2022 20 3 e3001612 δfosb accumulation in hippocampal granule cells drives cfos pattern separation during spatial learning lamothe molina p franzelin a beck l li d auksutat l fieblinger t laprell l alhbeck j gee c kneussel m engel a hilgetag c morellini f oertner t nat commun 2022 13 1 one region to control them all the surprising effectiveness of network control theory in predicting post stroke recovery from aphasia popova m fakhar k braun w front comput neurosc 2022 16 943396 evaluation of magnetic resonance imaging based radiomics characteristics for differentiation of benign and malignant peripheral nerve sheath tumors in neurofibromatosis type 1 ristow i madesta f well l shenas f wright f molwitz i farschtschi s bannas p adam g mautner v werner r salamon j neuro oncology 2022 24 10 1790 1798 brain simulation as a cloud service the virtual brain on ebrains schirner m domide l perdikis d triebkorn p stefanovski l pai r prodan p valean b palmer j langford c blickensdörfer a van der vlag m diaz pier s peyser a klijn w pleiter d nahm a schmid o woodman m zehl l fousek j petkoski s kusch l hashemi m marinazzo d mangin j flöel a akintoye s stahl b cepic m johnson e deco g mcintosh a hilgetag c morgan m schuller b upton a 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