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identical, spatial, images, respectively, hdf4, shp, database, install, setwd, object, can, placed, are, found, set, has, done, first, time, code, run, computer, libraries, explicaciones, intercaladas, inglés, mayúsculas, señalado, modificar, tenemos, abrir, consola, asumimos, instalado, hacerlo, directamente, escribiendo, asignar, valores, quality, tomados, ctrl, así, sucesivamente, nombres, completos, tendremos, cuando, usemos, paquete, importarlas, objetos, spatialgriddataframe, cerrar, sesión, subdataset_2_name, open, 2006269163246, getmetadata, subdatasets, subdataset_1_name, ahora, alguno, chdir, getcwd, carpeta, cambiar, luego, mirar, lectura, cabecera, opcional, hecha, llegará, mail, confirmación, procesado, correctamente, dirección, ftp, descargar, compiladas, zip, necesario, crearse, clave, después, habrá, seleccionar, panel, búsqueda, search, región, geográfica, interese, fechas, queremos, requeridas, conveniente, terra, indices, day, seleccionemos, contiene, exactamente, mismas, sobretodo, respecta, índice, parcialmente, validada, mientras, https, wist, echo, nasa, gov, api, solicitarse, página, descarga, unas, pautas, extracción, conjunto, inventarios, pasos, descritos, implican, distribución, funciona, windows, también, gran, ayuda, hora, distribuidas, geospatial, abstraction, calculados, diseñados, comparaciones, condiciones, utilización, herramientas, embargo, problemas, técnicos, procesamiento, primer, vienen, especial, leen, mayoría, sig, softwares, teledetección, segundo, proyección, sinusoidal, bastante, atípico, suele, necesaria, reproyección, pasado, había, utilizado, tool, rutina, arcgis, procesar, número, podía, uno, requería, cierto, supervisión, integra, ofrece, alternativa, mucho, rápida, potente, gratuita, grupo, investigacion, martes, siendo, realizado, financiación, fapas, 100, colmena, siete, correspondientes, tratar, aleatorio, controlar, variabilidad, experimento, representación, obtenidos, figura, parece, apuntar, efecto, bilberry, blackthorn, hawthorn, breve, espera, poder, ajustar, estadísticos, adecuados, comprobación, hipótesis, subyacentes, error, inició, comienzos, evaluar, características, atlántica, cordillera, cantábrica, buscaron, aislados, valles, evitar, efectos, solapados, entre, representativas, fueran, importantes, recurso, alimenticio, oso, pardo, seleccionadas, fueron, cerezo, castaño, marcaron, individuos, distancias, colmenas, 1500, pie, cubrieron, otra, pretendía, cuantificar, frente, fué, veces, contaron, marcadas, modelo, general, comprobar, crataegus, monogyna, spinosa, castanea, sativa, avium, vaccinium, myrtillus, responder, hasta, qué, punto, ausencia, zonas, rurales, repercutir, desaparece, suplen, desaparición, apicultura, tradicional, aparición, enfermedades, atacan, hace, desencadenado, disminución, muy, poblaciones, rural, cuál, ecológico, juega, ecosistemas, natural, lunes, realizando, marco, gesbome, sostenible, escenario, globla, colaboración, córdoba, granada, inia, cifor, estructurales, microclimáticas, topográficas, finalmente, utilizarán, daño, observado, abordar, regresión, relacionar, climáticas, obtenidas, estaciones, meteorológicas, próximas, generalmente, patógenos, oportunistas, bacterias, hongos, insectos, plantas, hemiparásitas, muérdago, rematan, previamente, debilitado, abordaremos, contribución, heladas, aceleran, declive, corto, aquellos, mayoritariamente, clima, debilitan, reducen, sus, defensas, largo, haciéndolo, vulnerable, respecto, manion, 1991, identifica, tres, grandes, tipos, generar, fases, tempranas, ello, generarán, relacionarán, observados, mediante, discriminante, estandarización, interpolación, faltan, filtrado, capa, fiabilidad, adquisición, obtención, relación, planteamos, aunque, mucha, menor, landsat, ventaja, gratuitas, fácil, acceso, disponibles, periodicidad, contienen, idea, evolución, actividad, fotosintética, dosel, arbóreo, dicha, seguimos, protocolo, cartografía, previos, alta, estimó, visualmente, ferreti, 1994, estimación, midieron, relacionadas, rodal, ejemplo, basimétrica, media, copa, viva, muestreó, complementó, obtenida, fotografías, aéreas, pudieron, visitados, debido, cobertura, nieve, llevó, estratificado, especie, conceptual, abordarlas, diseñado, genera, climático, favorecen, concreto, satelitales, propósito, dentro, línea, planteado, estoy, involucrado, actualmente, pinos, desarrolla, almería, año, detectando, gradual, pinares, jueves, actividades, docencia, sidebar, main,

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decaimiento en la sierra de los filabres para obtener información de campo en noviembre de 2008 se llevó a cabo un muestreo estratificado por especie pinus sylvestris pinus nigra y grado de afectación de las masas utilizando una cartografía de daños generada en años previos a partir de imágenes aster de alta resolución 15 x 15 m en 59 rodales se estimó visualmente el grado de afectación de las masas utilizando la guía ferreti 1994 para la estimación de daños en especies forestales además se midieron distintas variables relacionadas con la estructura del rodal como por ejemplo el área basimétrica la altura media o la altura de copa viva este muestreó se complementó con información obtenida a partir de fotografías aéreas de otros 17 rodales con un grado de afectación bajo que no pudieron ser visitados en campo debido a la cobertura de nieve en relación a la detección de indicadores nos planteamos trabajar con imágenes modis con una resolución de 250 x 250 m aunque estas imágenes tienen mucha menor resolución que las imágenes landsat o aster tienen la ventaja de ser gratuitas de fácil acceso y están disponibles con una periodicidad de 16 días estas imágenes contienen información sobre índices de vegetación ndvi y evi que nos pueden dar una idea de la evolución temporal de la actividad fotosintética ndvi y la estructura del dosel arbóreo evi de los rodales estudiados para obtener dicha información seguimos el siguiente protocolo de trabajo adquisición de las imágenes y obtención de la información de los índices de vegetación para los rodales estudiados filtrado de los datos utilizando la información contenida en la capa de fiabilidad pixel reliability de las imágenes modis interpolación de los datos que faltan en las series temporales estandarización de los datos con esta información se pretende generar una serie de indicadores que nos permitan predecir el decaimiento en fases tempranas para ello se generarán distintos indicadores a partir de las series temporales de índices de vegetación y se relacionarán con los datos de daños observados en campo mediante técnicas de análisis discriminante y análisis correlacionales con respecto a los factores causales del decaimiento p d manion 1991 identifica tres grandes tipos de factores 1 factores de predisposición que son aquellos mayoritariamente abióticos clima que debilitan al árbol y o reducen sus defensas a largo plazo haciéndolo más vulnerable 2 factores de incitación que son factores bióticos y abióticos p e heladas que aceleran su declive a corto plazo y 3 factores de contribución generalmente patógenos oportunistas bacterias hongos insectos plantas hemiparásitas como el muérdago que rematan al árbol previamente debilitado en este trabajo abordaremos el análisis de factores de predisposición e incitación para abordar los factores de predisposición se pretende utilizar técnicas de regresión de series temporales para relacionar las series de índices de vegetación con series climáticas obtenidas a partir de datos de 16 estaciones meteorológicas próximas al área de estudio finalmente para el estudio de los factores de incitación se utilizarán análisis correlacionales del daño observado en campo variable y y distintas variables topográficas espaciales estructurales y microclimáticas variables x este estudio se está realizando en el marco del proyecto gesbome gestión sostenible del bosque mediterráneo en un escenario de cambio globla en colaboración con la universidad de córdoba la universidad de granada y el inia cifor publicado por luis cayuela en 17 49 no hay comentarios etiquetas gestión del bosque mediterráneo investigación lunes 8 de diciembre de 2008 contribuyen las abejas a la conservación del medio natural la desaparición de la apicultura tradicional de montaña y la aparición de distintas enfermedades que atacan a la abeja desde hace años han desencadenado una disminución muy grande de las poblaciones de abeja melífera en el medio rural cuál es el papel ecológico que juega la abeja en los ecosistemas de montaña si la abeja desaparece suplen otros polinizadores el papel de la abeja en la polinización de la flora de montaña hasta qué punto su ausencia en zonas rurales puede repercutir sobre la conservación de otras especies para responder a estas preguntas se inició a comienzos del 2008 un estudio para evaluar el papel de la abeja melífera en la polinización de distintas especies características de la flora atlántica de montaña en la cordillera cantábrica para llevar a cabo este estudio se buscaron colmenares aislados en valles de montaña para evitar efectos solapados entre colmenares en estas localidades se seleccionaron especies representativas de la vegetación de montaña y que fueran importantes como recurso alimenticio de otras especies como el oso pardo las especies seleccionadas fueron el arándano vaccinium myrtillus el cerezo prunus avium el castaño castanea sativa el endrino prunus spinosa y el majuelo crataegus monogyna se marcaron distintos individuos de cada una de estas especies a distintas distancias de las colmenas de 0 a 1500 m en cada planta o pie de planta se seleccionaron varias ramas la mitad de estas se cubrieron con una malla y la otra mitad no con esto se pretendía cuantificar el papel de la abeja frente a otros polinizadores desde marzo a octubre se fué varias veces a campo y se contaron flores y frutos en cada una de las ramas marcadas el modelo general que se pretende comprobar es el siguiente frutos distancia malla error localidad en donde frutos frutos flores 100 distancia distancia a la colmena m malla factor con dos niveles con malla sin malla localidad factor con siete niveles correspondientes a las localidades de muestreo este factor se ha de tratar como un factor aleatorio para controlar la variabilidad del experimento una representación de los datos obtenidos en campo ver figura parece apuntar a un efecto importante de la abeja en la polinización del arándano bilberry el endrino blackthorn y el majuelo hawthorn en breve se espera poder ajustar modelos estadísticos adecuados para la comprobación de las hipótesis subyacentes este estudio está siendo realizado por la fundación fire y el fapas con financiación de la fundación biodiversidad publicado por luis cayuela en 16 11 no hay comentarios etiquetas investigación martes 2 de diciembre de 2008 uso de imágenes modis para estimar el estado de masas forestales i los índices de vegetación calculados a partir de la información espectral contenida en las imágenes modis están diseñados para ofrecer comparaciones espaciales y temporales de las condiciones de la vegetación la utilización de este tipo de herramientas puede ofrecer sin embargo una serie de problemas técnicos en su procesamiento y manejo en primer lugar las imágenes vienen en un formato especial hdf que no leen la mayoría de los sig y softwares de teledetección en segundo lugar la información contenida en las distintas bandas de las imágenes modis viene en un tipo de proyección sinusoidal bastante atípico por lo que suele ser necesaria la reproyección de esta información en el pasado nuestro grupo de investigacion había utilizado el modis import tool y una rutina generada en arcgis para procesar un número grande de estas imágenes el proceso podía llevar uno o dos días y requería cierto grado de supervisión el uso de software libre en particular si se integra bajo linux ofrece una alternativa mucho más rápida y potente además de gratuita para el manejo de información espacial esta guía pretende dar unas pautas para la extracción de información de índices de vegetación para un conjunto de puntos inventarios de campo los pasos descritos implican fundamentalmente el uso del software de libre distribución r que funciona bien bajo windows o linux el uso de otros paquetes como gdal geospatial data abstraction library pueden ser también de gran ayuda a la hora de leer la información de las bandas contenidas en los archivos hdf en el que las imágenes modis son distribuidas paso 1 descarga de imágenes modis las imágenes modis pueden solicitarse en la página https wist echo nasa gov api es necesario crearse un usuario y una clave después habrá que seleccionar en el panel de búsqueda search la región geográfica en la que nos interese trabajar las fechas en las que queremos buscar imágenes y el tipo de imágenes requeridas para trabajar con índices de vegetación lo más conveniente es trabajar con las imágenes modis terra vegetation indices 16 day l3 global 250 m sin grid v005 es importante que seleccionemos bien la versión v005 ya que la versión v004 no contiene exactamente las mismas bandas sobretodo en lo que respecta al índice de calidad de la información espectral además la v005 está parcialmente validada en campo mientras que la v004 no lo está una vez hecha la solicitud nos llegará a nuestro e mail una confirmación de que la solicitud se ha procesado correctamente y una dirección de ftp en donde nos podemos descargar las imágenes una a una o compiladas en un archivo zip paso 2 lectura de la información de cabecera de las imágenes modis opcional se puede mirar la información contenida en las imágenes utilizando gdal desde python si trabajamos en linux se puede acceder a python desde la terminal usando el comando python luego debemos importar los siguientes paquetes import gdal import os para acceder a la carpeta en donde están las imágenes modis en formato hdf debemos de cambiar el directorio de trabajo usando los siguientes comandos os getcwd os chdir path del directorio de trabajo ahora podemos utilizar los siguientes comandos para leer la información de las bandas contenidas en alguno de los archivos hdf ds gdal open mod13q1 a2000049 h17v05 005 2006269163246 hdf sds_md ds getmetadata subdatasets sds_md subdataset_1_name hdf4_eos eos_grid mod13q1 a2000049 h17v05 005 2006269163 246 hdf modis_grid_16day_250m_500m_vi 250m 16 days ndvi sds_md subdataset_2_name hdf4_eos eos_grid mod13q1 a2000049 h17v05 005 2006269163 246 hdf modis_grid_16day_250m_500m_vi 250m 16 days evi y así sucesivamente esto nos da los nombres completos de las bandas que tendremos que utilizar cuando usemos gdal desde r paquete rgdal para importarlas como objetos espaciales spatialgriddataframe se puede cerrar la sesión en python con ctrl d paso 3 importar imágenes modis en r y asignar valores de índices de vegetación ndvi evi y calidad vi quality a una serie de puntos tomados en campo para llevar a cabo este paso tenemos que abrir la consola de r que asumimos está instalado si trabajamos en linux podemos hacerlo directamente desde la terminal escribiendo el comando r una vez en r se puede utilizar el siguiente código las explicaciones intercaladas en el código están en inglés en mayúsculas se han señalado las líneas que ha de modificar cada usuario del código load libraries install packages c sp maps maptools rgdal gpclib spatstat this has to be done only the first time the code is run in your computer library sp library maps library maptools library rgdal library gpclib library spatstat set working directory and read field points from which vi values will be extracted setwd name of the folder where your hdf files are found only hdf files can be placed in this folder id create an object with the names of the files contained in the working directory folder id select only hdf files excluding xlm metadata files based on the length of character string if reading field data from a shapefile then go to chunk 1 if reading field data from a database txt file then go to chunk 2 chunk 1 points path to the shp file with the field data read the shapefile with the field points proj4string points assign the projection of the spatialpointsdataframe points transform the projection redefine and or rename the variables contained in the data slot in this particular case it is expected to have information on the site id id the level of tree damage damage and the planted species species slot points data variable name damage points data variable name species points data variable name chunk 2 points path to txt file with the field data header t sep t read the txt file with the field points coordinates points this converts the data frame in a spatialpointsdataframe proj4string points assign the projection of the spatialpointsdataframe points transform the projection redefine and or rename the variables contained in the data slot in this particular case it is expected to have information on the site id id the level of tree damage damage and the planted species species slot points data variable name damage points data variable name species points data variable name load modis hdf4 files and extract values for field points ndvi evi qa create a list with three identical spatial objects where extracted values from hdf images will be assigned to ndvi evi and pixel reliability respectively list_vi character vector referring to the layers in the hdf files from which the information will be extracted for j in 1 length vi_index for i in 1 length id ndvi_i read the hdf file i band j overlay_i extract values from vi grid i j using the spatialpointsdataframe ntemp assign temporal column names slot list_vi j data bind assigned extracted values to existing spatialpointsdataframe j ntemp_i assign final column names to spatialpointsdataframe j attach list_vi proj_back define the original crs of field points points_ndvi change projection of points_ndvi points_evi change projection of points_evi points_rel change projection of points_rel save points_ndvi points_evi points_rel file path to the folder where these r objects will be saved points rob save spatialpointsdataframes publicado por luis cayuela en 15 11 7 comentarios etiquetas código en r gestión del bosque mediterráneo investigación entradas más recientes entradas antiguas inicio suscribirse a entradas atom buscar entradas sudáfrica curso de análisis de datos ecológicos en r 1 introduccion a r 2 modelos lineales 3 modelos lineales generalizados 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